Lange, XBT устроен так, что кидает пиров "пачками". Если трекер большой и пиров много, то эти "пачки" достигают достаточно большого размера и иногда за отведенный интервал (3 секунды для нормального отображения статистики у меня стояло) не успевают обработаться MySQL. Пока одна пачка не обработалась - подошла уже вторая. Таким образом постепенно начинает образовываться очередь из этих "пачек" на вставку в таблицу пиров. Очередь начинает расти и сразу же наблюдается общая деградация в производительности сервера. С этим узким горлышком боролись множественнными оптимизациями, особого результата не было, поэтому в часы пик, когда эти очереди могли образоваться - просто увеличивали интервал анонса на трекере.
Проблема решилась после перехода на MariaDB, поскольку там несколько иной механизм работы с очередями и оно успевало их разгребать в случае их наличия без деградации, да и в целом куда большие "пачки" могло единовременно в таблицу вставить. Эти ее возможности по массовой вставке строк в таблицы проявлялись при массовых рассылках личных собщений. Если с MySQL 30 000 запросов у меня проходили секунд за 15, то на MariaDB от силы за 3-4.